W średniowieczu tereny, na których leży Nowy Dwór należały do księstwa pomorskiego, w latach (1282-1466) przechodzą pod panowaniem państwa krzyżackiego. Pokój Toruński w 1466 roku przyłączył tę ziemię do Królestwa Polskiego w ramach Prus Królewskich. Następnie żuławskie tereny dzierzawi rodzina Falkenbergów, dzięki której staraniom obszar dzierżawy uległ powiększeniu i w 1515 r. wyodrębniono ekonomię nowodworską. Po Falkenbargach ekonomię dzierżawili: Loitzowie, Wejherowie, Jacobsenowie, Krzysztof Gembicki, a po 1680 r. była własnością króla Jana III Sobieskiego. W 1548 Michael Loitz przeniósł siedzibę swojej rodziny z Gdańska na Żuławy i nad Tugą postawił dwór, przebudowany następnie na zamek. Loitz sprowadził też osadników z Holandii , którzy przyczynili się do osuszenia i zagospodarowania regionu. W 1660 roku Melchior Wejher po przeciwnej stronie zamku wytyczył nową ulicę , która staje się początkiem nowej osady rzemieślniczej. Miejsce to stało się centrum handlowo-rzemieślniczym na Żuławach Północnych, z dwoma młynami i gorzelnią. Niezależnie rozwijała się też osada przyzamkowa, która w 1645 roku otrzymała prawo prowadzenia własnej działalności rzemieślniczej. Spokój osady przerywały powodzie, z którymi jednak nauczono się walczyć. Więcej nieszczęść i szkód przyniosły wojny ze Szwecja w XVII w. W wyniku I rozbioru Polski Żuławy weszły w skład Prus. Po niekorzystnym dla regionu okresie wojen napoleońskich (1807-1813), Nowy Dwór zaczął się dynamicznie rozwijać , dzięki czemu w 1824 r. przeniesiono tu z pobliskiego Nowego Stawu pruski Sąd Królewski, w 1859 roku nadano mu prawa osady targowej . Najważniejszym wydarzeniem było nadanie przez cesarza Wilhelma I praw miejskich w 1880 roku. W miasteczku znajdowały się browary, tkalnia lnu, wytwórnia tytoniu, garbarnia, fabryka mydła, cukrownia. Wizytówką miasta była jednak produkowana od 1776 roku przez rodzinę Stobbe słynna wódka jałowcowa Stobbes Machandel. W 1886 miasteczko uzyskało połączenie kolejowe z Szymankowem. Ogromne znaczenie miało otwarcie linii koleji wąskotorowej w 1891 roku. Dzięki wybrukowaniu ulic i przyłączeniu budynków do sieci wodociągowej i energetycznej, miasto stało się schludnym, nowoczesnym ośrodkiem. Po pierwszej wojnie światowej w wyniku traktatu wersalskiego 10 stycznia 1920 roku Nowy Dwór został włączony do Wolnego Miasta Gdańska i zyskał rangę stolicy powiatu Żuławy Wielkie. W miasteczku otwarto polską placówkę celną kontrolującą odcinek granicy z Prusami Wschodnimi. W zasięgu polskiej administracji znajdowała się też kolej. 1 września 1939 roku Nowy Dwór włączono w granice III Rzeszy. Po zakończeniu II Wojny Światowej rdzenni mieszkańcy musieli opuścić Żuławy, stopniowo zastępowani przez polskich osadników z różnych części Polski. Miasto w początkowym okresie odcięte od świata, pozbawione wody i prądu, plądrowane przez rzesze szabrowników, odradzało się.